珀尔修斯

任何医疗保健数据都需要转换成一种通用格式,然后才能用于分析. OMOP公共数据模型(CDM)有助于将不同的数据源组织成相同的关系数据库设计. 然而, 提取, 转换和加载(ETL)过程可能很困难,通常需要很强的技术知识和领域专长.

珀尔修斯是一个软件解决方案,通过提供灵活且易于使用的可视化环境来简化CDM转换. 将数据转换为OMOP格式不需要很强的技术知识. 使用可理解的3步流程来执行所需的转换:预处理, 映射和转换.

它是如何工作的

 

好处

透明度

视觉界面引导用户通过不同的操作
转换过程可以实时查看, 使其能够在发生错误时迅速做出反应
可以查看所有转换运行的摘要和状态

可重用性

自动映射类似的字段,防止用户每次从零开始
为CDM字段自动生成字段值
用户可以使用内置的“源到源”和“源到标准”词汇表查找

可靠性

数据质量检查测试数据是否符合给定的需求
应用程序与观测健康数据科学和信息学(OHDSI)社区使用的工具集成, 其中包括大白兔, Rabbit-in-a-Hat, Usagi, 雅典娜和数据质量仪表盘

Time & 成本效益

减少花费在手工流程上的时间,例如编码和将源数据映射到目标系统
与传统的改造项目相比,参与这个过程的人更少

一般工作流程

预处理

预处理

导入数据资产(e.g. 白兔扫描报告或扫描数据库)
将源表
审核并确认数据

映射

映射

保存映射并打开一个现有的映射
为concept_id字段创建自定义查找
将源映射到目标表/字段
搜索新代码和OMOP标准概念之间的映射
设置转换和词汇表查找
定义创建时代(DRUG_ERAs、CONDITION_ERAs等)的逻辑.)
定义将visit occurrence / observation_period记录分组的逻辑
创建ETL规范文档

转换

转换

将源代码转换为CDM
查看转换的进度
视图转换运行结果
导出结果以进行离线审查和进一步分析

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